ORFeom

A molekuláris genetika területén az ORFeom egy genom nyitott leolvasási kereteinek (open reading frames, ORFs) összességét jelenti. A kifejezést alkalmazzák a klónozott ORF-ek egy halmazának leírására is.^[1] Az ORF-ek a géneket kódoló szekvenciáknak felelnek meg. A genom szekvenciái közül számítógépes programokkal lehet megkeresni őket, ilyen pl. a GENSCAN. Bár ez a baktériumok esetében könnyen megvalósítható, nem triviális a probléma az eukarióták genomjainál, az intronok és exonok jelenléte miatt.

A teljes ORFeomok használata a biológia új, rendszerszemléletű trendjének felel meg, ami omika néven foglalható össze. ORFeomokat használnak például a fehérje-fehérje interakciók^[2]^[3] vizsgálatánál is.

ORFeomok klónozása

A teljes ORF-állomány klónozása már számos élőlény esetében sikeres volt, köztük:

Az emberi ORFeomot egyelőre csak részlegesen sikerült előállítani.^[11]^[12]

Jegyzetek

↑ (2009) „Reverse Chemical Genetics”. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 577, 3–9. o. DOI:10.1007/978-1-60761-232-2_1. PMID 19718504.
↑ (2008) „The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – the Syphilis Spirochete”. PLoS ONE 3 (5), e2292. o. DOI:10.1371/journal.pone.0002292. PMID 18509523. PMC 2386257.
↑ (2004) „From ORFeomes to Protein Interaction Maps in Viruses”. Genome Research 14 (10b), 2029–2033. o. DOI:10.1101/gr.2583304. PMID 15489322.
↑ (2009) „Construction and evaluation of an ORFeome-based Brucella whole-genome DNA microarray”. Microbial Pathogenesis 47 (4), 189–195. o. DOI:10.1016/j.micpath.2009.06.002. PMID 19524659.
↑ (2012) „Construction of a highly flexible and comprehensive gene collection representing the ORFeome of the human pathogen Chlamydia pneumoniae”. BMC Genomics 13, 632. o. DOI:10.1186/1471-2164-13-632. PMID 23157390. PMC 3534531.
↑ (2010) „The Escherichia coli K-12 ORFeome: A resource for comparative molecular microbiology”. BMC Genomics 11, 470. o. DOI:10.1186/1471-2164-11-470. PMID 20701780. PMC 3091666.
↑ (2005) „Expression capable library for studies of Neisseria gonorrhoeae, version 1.0”. BMC Microbiology 5, 50. o. DOI:10.1186/1471-2180-5-50. PMID 16137322. PMC 1236931.
↑ (2004) „The Pseudomonas aeruginosa PA01 gene collection”. Genome Research 14 (10B), 2190-200. o. DOI:10.1101/gr.2482804. PMID 15489342. PMC 528936.
↑ (2008) „The ORFeome of Staphylococcus aureus v 1.1”. BMC Genomics 9, 321. o. DOI:10.1186/1471-2164-9-321. PMID 18605992. PMC 2474624.
↑ (2009) „Evolutionarily Conserved Herpesviral Protein Interaction Networks”. PLoS Pathogens 5 (9), e1000570. o. DOI:10.1371/journal.ppat.1000570. PMID 19730696. PMC 2731838.
↑ Lamesch, Philippe, Li, Ning; Milstein, Stuart; Fan, Changyu; Hao, Tong; Szabo, Gabor; Hu, Zhenjun; Venkatesan, Kavitha; Bethel, Graeme; Martin, Paul; Rogers, Jane; Lawlor, Stephanie; McLaren, Stuart; Dricot, Amélie; Borick, Heather; Cusick, Michael E.; Vandenhaute, Jean; Dunham, Ian; Hill, David E.; Vidal, Marc (2007. március 1.). „hORFeome v3.1: A resource of human open reading frames representing over 10,000 human genes”. Genomics 89 (3), 307–315. o. DOI:10.1016/j.ygeno.2006.11.012. PMID 17207965.
↑ http://horfdb.dfci.harvard.edu/ Human ORFeome 2011 Release

[ORFcloning-1] (2009) „Reverse Chemical Genetics”. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 577, 3–9. o. DOI:10.1007/978-1-60761-232-2_1. PMID 19718504.

[TP-2] (2008) „The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – the Syphilis Spirochete”. PLoS ONE 3 (5), e2292. o. DOI:10.1371/journal.pone.0002292. PMID 18509523. PMC 2386257.

[virusORfeome-3] (2004) „From ORFeomes to Protein Interaction Maps in Viruses”. Genome Research 14 (10b), 2029–2033. o. DOI:10.1101/gr.2583304. PMID 15489322.

[BmeORFeome-4] (2009) „Construction and evaluation of an ORFeome-based Brucella whole-genome DNA microarray”. Microbial Pathogenesis 47 (4), 189–195. o. DOI:10.1016/j.micpath.2009.06.002. PMID 19524659.

[CpnORFeome-5] (2012) „Construction of a highly flexible and comprehensive gene collection representing the ORFeome of the human pathogen Chlamydia pneumoniae”. BMC Genomics 13, 632. o. DOI:10.1186/1471-2164-13-632. PMID 23157390. PMC 3534531.

[EcoliORFeome-6] (2010) „The Escherichia coli K-12 ORFeome: A resource for comparative molecular microbiology”. BMC Genomics 11, 470. o. DOI:10.1186/1471-2164-11-470. PMID 20701780. PMC 3091666.

[Brettin2005-7] (2005) „Expression capable library for studies of Neisseria gonorrhoeae, version 1.0”. BMC Microbiology 5, 50. o. DOI:10.1186/1471-2180-5-50. PMID 16137322. PMC 1236931.

[Pseudomonas-8] (2004) „The Pseudomonas aeruginosa PA01 gene collection”. Genome Research 14 (10B), 2190-200. o. DOI:10.1101/gr.2482804. PMID 15489342. PMC 528936.

[SauORFeome-9] (2008) „The ORFeome of Staphylococcus aureus v 1.1”. BMC Genomics 9, 321. o. DOI:10.1186/1471-2164-9-321. PMID 18605992. PMC 2474624.

[herpesORFeome-10] (2009) „Evolutionarily Conserved Herpesviral Protein Interaction Networks”. PLoS Pathogens 5 (9), e1000570. o. DOI:10.1371/journal.ppat.1000570. PMID 19730696. PMC 2731838.

[11] Lamesch, Philippe, Li, Ning; Milstein, Stuart; Fan, Changyu; Hao, Tong; Szabo, Gabor; Hu, Zhenjun; Venkatesan, Kavitha; Bethel, Graeme; Martin, Paul; Rogers, Jane; Lawlor, Stephanie; McLaren, Stuart; Dricot, Amélie; Borick, Heather; Cusick, Michael E.; Vandenhaute, Jean; Dunham, Ian; Hill, David E.; Vidal, Marc (2007. március 1.). „hORFeome v3.1: A resource of human open reading frames representing over 10,000 human genes”. Genomics 89 (3), 307–315. o. DOI:10.1016/j.ygeno.2006.11.012. PMID 17207965.

[12] ttp://horfdb.dfci.harvard.edu/ Human ORFeome 2011 Release

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]